Le Rectorat est l'autorité exécutive de l'Université INUKA. Sa direction est assurée par le Recteur qui est le premier responsable administratif et académique de l'Institution. Il se compose de cinq (5) membres et l’on y retrouve les entités rectorat suivantes :

• La Direction du Cabinet du Recteur
• Le Département d'Evangélisation
• Le Service d'Impression et de Reproduction
• La Coordination du Système Informatique et de Visio Conférence
• Le PEDEL et le Secrétariat du Rectorat dépendent de lui, sans interférence.

Attributions

Doté d'un Conseil de Direction présidé par le Recteur, il a notamment les attributions suivantes :

• Définir et mettre en œuvre la politique générale de l'Institution et la représenter dans diverses réunions nationales ou internationales.
• Établir le Budget, le plan de trésorerie et les comptes de L'Université INUKA.
• Procéder à la création et à la composition des commissions temporaires.
• Se prononcer sur les demandes d'équivalences, les demandes de dérogation au plan d'études ou au programme des examens.
• Superviser la préparation du programme des cours. Traiter les demandes individuelles concernant les étudiants. S'assurer de la notification des résultats des examens aux étudiants au sein des Départements.
• Assurer la liaison avec les autres institutions d'Enseignement supérieur nationales et internationales.
• Veiller à l'engagement et à la formation du personnel administratif rattaché au Rectorat.
• Assurer le suivi des accords de Coopération entre L'Université INUKA et les autres institutions universitaires nationales et internationales.
• Représenter L'Université INUKA et susciter des contacts avec la société.
• Veiller au respect de la déontologie professionnelle et de l'éthique entre tous les membres de L'Université INUKA et avec ses partenaires au sein et à l'extérieur de L'Université INUKA.
• Participer aux diverses manifestations de promotion de l'établissement.
• Valider les rapports des Directeurs de toutes les entités techniques et administratives et proposer, sur la base de ceux-ci des recommandations susceptibles d'améliorer la qualité des services.
• Assumer toutes les tâches concernant le fonctionnement de L'Université INUKA qui ne sont pas du ressort d'un autre organe.